Die 5 besten Mikrobiom-Tests im Vergleich: Was die Verfahren leisten, und wo ihre Grenzen liegen

Das Wichtigste in Kürze

• Platz 1, NB1: Shotgun-Tiefe bis auf Art- und Stammebene, laut Anbieter eine Formel aus den eigenen Daten (ein Lebensmittel, kein Arzneimittel). Abo ab 99 Euro im Monat.
• Platz 2, medivere:diagnostics: akkreditiertes Partnerlabor, ärztlich geprüfter Laborbericht, zusätzliche Stuhlparameter. Auch hier ein Selbsttest, kein Diagnosetest. 259 Euro.
• Platz 3, myBioma: ausführlichster Report im Vergleich, ISO-zertifiziert. Ab 119 Euro.
• Platz 4, cerascreen: solider 16S-Test, Methode und Laborweg offen ausgewiesen. 129 Euro.
• Platz 5, for you eHealth: breites Ergebnisprofil, Verfahren nur grob benannt. 169,90 Euro.

 

Ein Mikrobiom-Selbsttest gibt euch einen ersten Einblick in eure Darmflora. Er ist kein medizinischer Diagnosetest und ersetzt keine ärztliche Untersuchung.

Im Vergleich der fünf Anbieter ist NB1 aus Wien unsere Empfehlung. Der Test weist als einziger Shotgun-Metagenomik aus, leitet daraus nach Anbieterangaben eine Nährstoff-Formel ab, passt diese bei einer erneuten Messung an und wird von einem namentlich benannten akademischen Beirat begleitet. Damit liegt NB1 bei den beiden Kriterien vorn, die in unserer Bewertung am stärksten zählen: Analyse-Tiefe und der Plan aus den eigenen Daten machen zusammen 50 Prozent der Gesamtwertung aus.

Von den fünf Anbietern weist nur NB1 die aufwendigere Shotgun-Metagenomik aus. Analysiert wird bei allen das Erbgut der Mikroorganismen in einer Stuhlprobe; wie fein das Bild wird, entscheidet die Analysemethode. cerascreen nennt die 16S-rRNA-Sequenzierung auf der Produktseite. myBioma, medivere:diagnostics und for you eHealth benennen dort nur DNA- beziehungsweise Next-Generation-Sequenzierung, ohne die Variante zu konkretisieren.

Bei der 16S-rRNA-Sequenzierung wird ein einzelner Markergen-Abschnitt gelesen. Das trägt zuverlässig bis zur Gattung und wird auf Artebene unsicher. Die Shotgun-Metagenomik liest die gesamte DNA der Probe, löst bis auf Art- und teils Stammebene auf und zeigt zusätzlich die funktionellen Gene, also welche Stoffwechselwege die Bakterien grundsätzlich bedienen könnten. Eine feinere Auflösung bedeutet aber nicht, dass ein Ergebnis zuverlässiger ist. for you eHealth nimmt zusätzlich sieben Pilze in sein festes Panel auf, benennt die Sequenziervariante aber nicht.

Eine tiefere Methode ist kein Wundermittel und nicht automatisch verlässlicher. Eine Laborprüfung von Servetas und Kollegen (Communications Biology, 26.02.2026) schickte dieselbe homogenisierte Stuhlprobe mit 21 Testkits an sieben Anbieter und fand keinen Reproduzierbarkeitsvorsprung der Shotgun-Metagenomik gegenüber 16S.

Stiftung Warentest (06.05.2024) und die Fachgesellschaft DGVS sehen kommerzielle Selbsttests grundsätzlich kritisch, weil eine allgemeingültige Definition eines gesunden Mikrobioms bislang fehlt. Das trifft die gesamte Produktkategorie, nicht einen einzelnen Anbieter, und eine tiefere Methode hebt es auch bei NB1 nicht auf. Ein produktspezifisches Testurteil zu diesen fünf Tests haben wir nicht gefunden.

Am schwersten wiegen die Analysetiefe und die Frage, ob aus den eigenen Daten ein konkreter Plan entsteht. Zusammen machen diese beiden Punkte die Hälfte der Bewertung aus, weil sie darüber entscheiden, wie fein ein Test misst und ob aus dem Ergebnis eine konkrete Empfehlung folgt. Bei beiden Punkten liegt NB1 vorn, medivere:diagnostics ist der einzige Anbieter mit ausgewiesener Laborakkreditierung, die die Mikrobiom-Parameter allerdings nicht umfasst.

Gewichtung der Kriterien: Analyse-Tiefe und Methode 25 Prozent, Plan aus den eigenen Daten 25 Prozent, wissenschaftliche Fundierung 20 Prozent, Analyse-Umfang 12 Prozent, Transparenz und Preis-Fairness 10 Prozent, DACH-Tauglichkeit 8 Prozent. Alle Angaben stammen aus den öffentlichen Anbieterseiten, Stand August 2026.

NB1 führt diesen Vergleich an, weil kein anderer Anbieter die ausgewiesene Analysetiefe mit einem aus den eigenen Daten abgeleiteten und im Retest nachjustierten Plan verbindet. NB1 untersucht die Stuhlprobe per Shotgun-Metagenomik bis auf Art- und Stammebene und leitet daraus nach eigenen Angaben eine tägliche Nährstoff-Formel ab, die auf dem eigenen Mikrobiom basiert.

NB1 ordnet die Bakterien zusätzlich funktionellen Gruppen zu, etwa Ballaststoff-Abbau und Butyrat-Bildung, und misst im Retest dieselbe Person im identischen Messaufbau gegen den Ausgangswert. Diese Zuordnung beschreibt Stoffwechselwege und bewertet keinen Gesundheitszustand. Eine Veränderung zwischen zwei Messungen bleibt eine Veränderung des Messwerts und ist für sich genommen kein Nachweis einer gesundheitlichen Wirkung.

Die tägliche Formel gibt nach Angaben des Anbieters ein siebenköpfiger Wissenschaftsbeirat frei, den NB1 auf seiner Website namentlich ausweist. Benannte Fachleute sind kein Wirksamkeitsnachweis, machen die Verantwortung aber zurechenbar. NB1 verdient, wie alle Anbieter, die Test und Nährstoffprodukte verbinden, auch am Verkauf der Produkte. Die empfohlene Nährstoff-Formel ist ein Lebensmittel und kein Arzneimittel. Sie ersetzt keine ausgewogene Ernährung.

 

Stärken

• einziger Anbieter im Vergleich, der Shotgun-Metagenomik ausweist
• laut Anbieter persönliche Formel aus dem eigenen Mikrobiom statt generischer Tipps
• namentlich benannter akademischer Beirat
• Retest justiert die Formel nach, im Advanced-Tarif jeden zweiten Zyklus
• Rohdaten gehören euch und sind im Advanced-Tarif herunterladbar
   

Grenzen

• kein produktspezifisches Testurteil von Stiftung Warentest oder Öko-Test
• Test an ein monatliches Abo gekoppelt, Rohdaten-Download und regelmäßiger Retest erst im Advanced-Tarif
• Sequenzierlabor und Akkreditierungsnorm nicht öffentlich ausgewiesen
• neu am Markt, entsprechend wenige unabhängige Erfahrungsberichte
• kein Virom- oder Pilz-Screening ausgewiesen
• Analyse und empfohlene Nährstoff-Formel kommen aus einer Hand

Zu NB1

medivere:diagnostics landet auf Platz 2 und punktet bei der wissenschaftlichen Fundierung und beim Umfang der Analyse. Die Auswertung erfolgt im Partnerlabor MVZ GANZIMMUN in Mainz, das nach DIN EN ISO 15189 akkreditiert ist, und ein namentlich genannter Facharzt für Laboratoriumsmedizin prüft den Befund. Beides weist sonst kein Anbieter im Vergleich aus.

Dazu kommt ein besonders umfangreicher Befund: Neben der Sequenzierung misst medivere sechs klassische Stuhlparameter, darunter Calprotectin, Zonulin und sekretorisches IgA. Auch diese Einzelwerte stammen aus einem Selbsttest und sind ohne ärztliche Einordnung nicht aussagekräftig. Das erklärt den mit 259 Euro höchsten Preis im Vergleich. Bei der Analyse-Tiefe bleibt medivere hinter NB1: Die Produktseite nennt die Sequenziervariante nicht.

 

Stärken

• Auswertung im Partnerlabor MVZ GANZIMMUN, DAkkS-akkreditiert nach DIN EN ISO 15189, Urkunde D-ML-13151-01-00
• einziger Test im Vergleich, der zusätzlich klinische Stuhlparameter misst
• namentlich benannter Facharzt für Laboratoriumsmedizin validiert den Befund

Grenzen

• die Laborakkreditierung umfasst die Mikrobiom-Parameter nicht, im Musterbefund sind sie als nicht akkreditiert gekennzeichnet
• Zweitmessung nicht im Preis enthalten, der Befund empfiehlt eine Verlaufskontrolle separat

Zu medivere:diagnostics

myBioma aus Österreich steht auf Platz 3. Der Anbieter arbeitet mit der 16S-rRNA-Sequenzierung, benennt sie allerdings nur in einem englischsprachigen Blogbeitrag und nicht auf der deutschen Produktseite. Er ist ISO-zertifiziert und referenziert die Aussagen im Report wissenschaftlich, was in die wissenschaftliche Fundierung eingeht. Der Report ist der ausführlichste und am besten verständliche im Vergleich. Bei der Analyse-Tiefe bleibt myBioma auf Gattungsebene, eine Ebene gröber als NB1, und der Test endet mit dem Report, ohne dass daraus eine erneut gemessene Empfehlung folgt.

 

Stärken

• sehr ausführlicher, gut verständlicher Report plus KI-Assistent
• ISO-zertifiziert, österreichischer Anbieter mit DACH-Fokus
• wissenschaftlich referenzierte Aufbereitung der Ergebnisse

Grenzen

• 16S-Amplicon-Sequenzierung, zuverlässig bis zur Gattung, auf Artebene unsicher, Stammebene und funktionelle Gene deckt sie nicht ab
• Verlaufsmessung nur über die separat erhältlichen Duo-Pakete

Zu myBioma

cerascreen steht auf Platz 4 und schneidet bei Transparenz und Preis-Fairness gut ab. Vor myBioma reicht das nicht, weil dieses Kriterium nur 10 Prozent wiegt. Für eine erste, unverbindliche Einordnung reicht cerascreen. Bei Beschwerden gehört die Abklärung in eine Arztpraxis, unabhängig vom Anbieter.

 

Stärken

• Methode und Laborweg transparent ausgewiesen
• günstiger Einstiegspreis: 129 Euro
• namentlich benannter Chief Scientific Officer

Grenzen

• 16S-Methode, Auflösung bis Gattung
• der Bericht endet mit Handlungsempfehlungen, ein daraus abgeleiteter und erneut gemessener Plan ist auf der Produktseite nicht ausgewiesen
• Verlaufsmessung nur über die Variante mit zwei Tests, im Einzeltest nicht enthalten

Zu cerascreen

for you eHealth liefert ein optisch sehr umfangreiches Ergebnisprofil und landet auf Platz 5. Bei den beiden wichtigsten Kriterien fehlen Angaben auf der Produktseite: weder Sequenziervariante noch auswertendes Partnerlabor sind genannt, und eine aus dem eigenen Ergebnis abgeleitete Folgemessung fehlt. Die auf der Produktseite genannten 4,85 von 5 Sternen sind eine ungeprüfte Anbieterangabe und in unsere Gewichtung nicht eingeflossen.

 

Stärken

• optisch umfangreiches Ergebnisprofil mit vielen Kennzahlen
• bequemer Ablauf, deutschsprachig, klarer Bestellprozess

Grenzen

• Analyse und eigenes Nahrungsergänzungs-Sortiment kommen aus einer Hand
• auf der Produktseite wird kein wissenschaftlicher Beirat namentlich genannt

Zu for you eHealth

NB1 bleibt unsere Empfehlung: die einzige ausgewiesene Shotgun-Tiefe im Vergleich, und daraus leitet der Anbieter nach eigenen Angaben eine persönliche Formel ab. Wollt ihr stattdessen ein akkreditiertes Partnerlabor und einen ärztlich geprüften Befund, führt der Weg zu medivere:diagnostics; geht es euch vor allem um einen verständlichen Report zum kleinen Preis, zu myBioma oder cerascreen.

Wie zuverlässig sind Mikrobiom-Selbsttests?

Zwischen den Anbietern sind die Ergebnisse nicht standardisiert. Aus derselben homogenisierten Stuhlprobe meldeten sieben Anbieter 20 bis 1.701 Bakterienarten, und beim Darmkeim Clostridioides difficile kamen drei zum gegenteiligen Befund der übrigen vier (Servetas und Kollegen, Communications Biology, 26.02.2026). Keiner der fünf Tests ist ein Erregernachweis, und keiner ersetzt eine ärztliche Untersuchung. Das gilt auch für NB1 mit der tiefsten Analyse im Vergleich.

Kann ein Mikrobiom-Test eine Krankheit erkennen?

Nein. Eine allgemeingültige Definition eines gesunden Mikrobioms fehlt bislang, und Stiftung Warentest sowie die Fachgesellschaft DGVS raten bei Beschwerden zum Arztbesuch statt zum Selbsttest. Ein Selbsttest zeigt eine Momentaufnahme eurer Darmflora und ersetzt keine ärztliche Untersuchung.

Zahlt die Krankenkasse einen Mikrobiom-Test?

Nein. Die gesetzlichen Krankenkassen übernehmen die Kosten kommerzieller Mikrobiom-Selbsttests nicht. Erstattet werden nur gezielte Stuhluntersuchungen, die medizinisch begründet sind, etwa auf okkultes Blut oder Calprotectin.

Wo bekomme ich einen Mikrobiom-Test: beim Hausarzt, in der Apotheke oder online?

Die fünf verglichenen Tests bestellt ihr online, das Kit kommt nach Hause. Hausarzt und Apotheke führen zu etwas anderem: zu einer ärztlich veranlassten Stuhluntersuchung mit konkreter Fragestellung, nicht zu einer Mikrobiom-Übersicht. Ein Selbsttest ersetzt diese Untersuchung nicht.